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探索鱼类东海16种虾虎鱼类线粒体全基因组序列及系统发育毕业论文标准格式
         关键词:虾虎鱼类论文  线粒体全基因组论文  结构特点论文  体系发育联系论文本论文由http://www.qqg88.com整理提供,需要 论文可从关系客服人员哦。                                          摘要8-10ABSTRACT10-14第一章 文献综述14-251.1 线粒体基因组概述14-181.1.1 线粒体基因组结构14-161.1.2 鱼类线粒体基因
摘要:虾虎鱼类是虾虎亚目下所有物种的统称,是现存的鲈形目鱼类中最大的一个类群,分布广泛,栖息于不同的生态环境中,适应力强,是一种从暖水性为主的海洋或淡水的底栖性小型鱼类。虾虎鱼类作为一个庞大的生物类群,在其水生态环境中扮演着重要的角色。由于体型较小,而且形态上有着着不同程度的退化及特化,给传统的形态学鉴定工作带来了较大困难,导致虾虎鱼类的命名及分类较为混乱,同种异名现象严重,并且体系发育联系有着较大争议。目前,线粒体基因由于其具有的优点而被广泛地运用于鱼类的鉴定,分类及体系演化等探讨领域。相比于部分基因片段,线粒体全基因组序列包含的信息更为丰富,因而能得到更为全面,真实地探讨结果。本探讨采取长距PCR和普通PCR结合的办法测定了中国东海海域的16种虾虎鱼类线粒体全基因组序列,分析了其结构特点,并且结合GenBank中已发表的另外10种虾虎鱼类全基因组序列,研究了26种虾虎鱼类之间的体系发育及演化联系,旨在为虾虎鱼类的鉴定及分类提供新的观点及积累分子学信息。主要探讨成果如下:1.16种虾虎鱼类线粒体全基因组基因组成、基因排列顺序、碱基组成及 子利用率均较为保守,与大多数脊椎动物线粒体全基因组结构特点相似,然而在非编码区则有着显著的变异。16种虾虎鱼类线粒体基因组轻链复制起始区(OL)序列均能形成稳定的茎环二级结构,并且在5’端位置找到了两种保守序列:5’-GCCGG-3’和5’-ACCGG-3’。主要的非编码制约区(CR)变异较大,多数物种中识别了终止结合区的核心序列ACATATATGT及 保守区中CSB-E的核心序列GTGGG;CSB-D相对较为保守,在大多数物种中被识别;所有物种中均缺失CSB-F;保守序列区CSB-1、2、3均被识别。4种虾虎鱼类(红狼牙虾虎鱼、孔虾虎鱼、绿斑细棘虾虎鱼和犬齿背眼虾虎鱼)的CR区有着着不同程度,序列长度差别较大的重复片段,其发生机理尚未明确。虾虎鱼类制约区有着的变异符合其未受到编码压力而进化速度较快的特征,同时也为讨论脊椎动物线粒体重复序列的产生、延伸和删减机制提供良好的材料。2.分子体系树显示不同科属的虾虎鱼类大多聚在一起,除了睛尾蝌蚪虾虎鱼聚到拟虾虎亚科种类中,与传统形态学上将它分类于虾虎鱼亚科不一致。溪鳢位于树的根部位置,其次则是沙塘鳢科种类与塘鳢科种类。虾虎鱼科中的5个亚科聚为两个类群,虾虎鱼亚科聚为一类,拟虾虎鱼亚科、近盲虾虎鱼亚科、背眼虾虎鱼亚科及瓢虾虎鱼亚科聚为另一类。从上探讨结果在一定程度上支持最近Thacker提出的虾虎鱼类6科分类体系。体系发育结果及种间遗传距离显示斑纹舌虾虎鱼与钝吻舌虾虎鱼,矛尾刺虾虎鱼与斑尾刺虾虎鱼为同种异名。3.基于线粒体基因组所有编码基因序列的分子钟估算结果显示本探讨中的虾虎鱼科种类可能起源于始新世晚期至渐新世时间段内,在中新世进一步分化为具有现代特点的虾虎鱼种类。 关键词:虾虎鱼类论文 线粒体全基因组论文 结构特点论文 体系发育联系论文
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    摘要8-10

    ABSTRACT10-14

    第一章 文献综述14-25

    1.1 线粒体基因组概述14-18

    1.1.1 线粒体基因组结构14-16

    1.1.2 鱼类线粒体基因组遗传及进化特征16

    1.1.3 鱼类 mtDNA 的运用16-18

    1.2 虾虎鱼类的探讨概述18-25

    1.2.1 虾虎鱼类简介18-19

    1.2.2 虾虎鱼类分类探讨发展19-25

    第二章 16 种虾虎鱼类线粒体全基因组结构及特点分析25-66

    2.1 材料与办法25-30

    2.1.1 主要仪器与试剂25-26

    2.1.2 样品采集和 DNA 提取26-28

    2.1.3 扩增引物的查找与设计28

    2.1.4 PCR 扩增、产物纯化及克隆实验28-29

    2.1.5 线粒体全基因组序列拼接注释、提交及结构分析29-30

    2.2 实验结果30-62

    2.2.1 红狼牙虾虎鱼(Odontamblyopus rubicundus) mtDNA 结构与特点30-32

    2.2.2 孔虾虎鱼(Trypauchen vagina) mtDNA 结构与特点32-34

    2.2.3 绿斑细棘虾虎鱼(Acentrogobius chlorostigmatoide) mtDNA 结构与特点34-36

    2.2.4 普氏细棘虾虎鱼(Acentrogobius pflaumii) mtDNA 结构与特点36-38

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