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研究种群两种双生病毒TYLCCNV和TbCSV及其卫星DNA的分子变异毕业论文提纲
同地区和不同寄主的6个TbCSV和23个TYLCCNV分离物极为伴随卫星进行全基因组测序,并对这两种病毒的群体遗传多样性进行分析。结果表明,两种病毒的自然种群均具有丰富的种群结构,TYLCCNV的群体遗传多样性水平高于TbCSV,两种病毒各区段的进化呈现不均衡性。使用重组分析软件RDP3对本探讨所得及GenBank中已登录的这两种病毒分离物
摘要:烟草曲茎病毒(Tobacco curly shoot virus, TbCSV)和中国番茄黄化曲叶病毒(Tomato yellow leaf curl China virus, TYLCCNV)是在我国云南广泛发生的菜豆金色花叶病毒属(Begomovirus)病毒,伴随卫星DNAβ(TbCSB和TYLCCNB),在烟草和番茄上已造成严重危害。已有探讨表明TbCSV/TbCSB和TYLCCNV/TYLCCNB这两类病害复合体具有不同的致病机理。卫星TYLCCNB为辅助病毒TYLCCNV引起典型症状所必需的致病决定因子,且二者在田间具有紧密的伴随联系;与之不同,TbCSB能加重TbCSV引起的症状但并不是其致病所必需,田间仅部分TbCSV分离物伴随有卫星DNAβ。为了进一步明确这两种双生病毒/DNAβ病害复合体在我国的发生、分布、自然寄主及变异进化规律,本论文使用TbCSV和TYLCCNV的特异引物对采自我国云南、四川和广东等8个省份的田间体现双生病毒典型症状的11种作物及14种杂草共306份样本进行了PCR鉴定,分析了部分分离物全基因组结构及群体遗传多样性,并对这两种病毒极为伴随卫星种群结构和变异进行了探讨。PCR检测结果表明,在使用双生病毒简并引物PA/PB检测的306份样本中有235份样本呈阳性,其中有67份样品受TYLCCNV侵染,20份样品受TbCSV侵染,这两种病毒的复合侵染占阳性样品数的1.3%。在云南昭通、楚雄、保山、文山、红河及四川攀枝花的烟草、番茄、赛葵、锦葵和胜红蓟等5种寄主上检测到TYLCCNV,TbCSV在云南德宏胜红蓟上普遍发生,另在云南的烟草、紫茉莉和四川辣椒上也检测到该病毒,而在广东、广西及福建等6个省份的作物及杂草上均没有检测到这两种病毒,表明TYLCCNV的分布和寄主范围比TbCSV更广泛。使用双生病毒伴随卫星DNAβ的通用引物p01/β02进行PCR扩增发现,TYLCCNV分离物普遍伴随卫星分子,共检测到TYLCCNB、MYVYNB及MYVB等3种卫星DNAβ, TbCSV仅部分分离物伴随卫星分子DNAβ,分别为TbCSB和TYLCCNB。分别选取来源于不同地区和不同寄主的6个TbCSV和23个TYLCCNV分离物极为伴随卫星进行全基因组测序,并对这两种病毒的群体遗传多样性进行分析。结果表明,两种病毒的自然种群均具有丰富的种群结构,TYLCCNV的群体遗传多样性水平高于TbCSV,两种病毒各区段的进化呈现不均衡性。使用重组分析软件RDP3对本探讨所得及GenBank中已登录的这两种病毒分离物序列进行重组分析,结果显示重组事件在TYLCCNV各分离物中发生较频繁,在20个TYLCCNV分离物 检测到9个重组事件,其重组主要集中在IR和AC1区,在TbCSV分离物中未检测到重组事件发生。基于TYLCCNV AVI序列,使用DnaSP对病毒种群进行中性检测和误配分析,对不同寄主来源或地理来源的病毒种群的历史概况及进展动态的分析表明,TYLCCNV在云南和四川的烟草、番茄和赛葵等寄主上已形成稳定的种群并呈扩张的走势。体系进化分析表明,对同种病毒而言,其地理差别性对其进化的贡献在一定程度上高于寄主差别性。本探讨从TbCSV-Y35分离物(Y35A)、TYLCCNV-Y10分离物(Y10A)极为卫星分子Y35β及Y10p为探讨对象,在实验条件下接种Y35A+Y35β及Y1OA+Y10p,分析接种后不同时间段寄主本氏烟和心叶烟内病毒的种群结构,并对比了两种病毒在不同寄主中的分子变异水平。结果表明Y35A在心叶烟中种群突变克隆百分率为8.33%,种群突变频率为6.1×10-;在本氏烟中种群突变克隆百分率和种群突变频率分别为14.3%和1.2×104;而Y10A在心叶烟中种群突变克隆百分率为25.0%,种群突变频率为2.2×10-4;本氏烟种群的突变克隆百分率为41.5%,种群突变频率为4.3×104,表明TbCSV突变水平略低于TYLCCNV。为进一步明确病毒自然种群的遗传结构特征,分析了田间受TbCSV或TYLCCNV自然感染的寄主中的病毒群体变异,TbCSV种群突变频率为2.8×10-4,TYLCCNV种群突变频率为6.5×10-5-4.5×10-4,与病毒实验种群的变异水平相当。对这两种病毒种群变异数据的分析表明,突变在病毒的编码区及非编码区均有发生,且IR区变异最大;在本氏烟和心叶烟中,碱基突变类型有着差别,但均从碱基替代类型为主。两种病毒在本氏烟中种群突变均高于心叶烟种群,表明两种病毒在进化历程

等6个省份的作物及杂草上均没有检测到这两种病毒,表明TYLCCNV的分布和寄主范围比TbCSV更广泛。使用双生病毒伴随卫星DNAβ的通用引物p01/β02进行PCR扩增发现,TYLCCNV分离物普遍伴随卫星分子,共检测到TYLCCNB、MYVYNB及MYVB等3种卫星DNAβ, TbCSV仅部分分离物伴随卫星分子DNAβ,分别为TbCSB和TYLCCNB。分别选取来源于不同地区

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