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论水蚤中华哲水蚤个体核酸含量及其转录组的论文书写格式

摘要:中华哲水蚤(Calanus sinicus)是黄东海主要的浮游动物关键种,是连接初级生产与更高营养级的纽带,其生长情况和种群变动在海洋生态体系动力学中起着关键意义。本文以生命的基本组成物质33核酸入手,探讨了黄东海中华哲水蚤个体核酸含量时空变动特征、与环境之间的联系、极为对生长发育的指示意义;在此基础上,开展中华哲水蚤转录组测序,探讨其基因表达状况,挖掘其功能基因,拟以分子水平上揭示中华哲水蚤生长、发育从及种群变动的分子调控机制。主要探讨结果如下:中华哲水蚤个体RNA含量和RNA:DNA比值有着显著的季节变化。春季水华(3-4月)时期中华哲水蚤个体RNA含量和RNA:DNA比出现一年中的最高值,3月份个体RNA含量和RNA:DNA比均值分别为24μg ind-1和3.7,远远高于其它月份。此时中华哲水蚤的产卵率也较高,最高可达29.8。6,7月份黄海冷水团已初步形成,中华哲水蚤生长减缓,个体RNA含量及RNA:DNA比值较低,冷水团内部产卵率几乎为零。RNA含量与多种因素相关,本探讨发现RNA含量及RNA:DNA比值与产卵率成明显正相关联系。对水华的追踪调查发现,2009年4月分别在黄海中部两个站位发现水华,一个是从矮小短棘藻和柔弱几内亚藻为主要优势种的硅藻水华,另一个是从矛状异孢藻为主要优势种的甲藻水华。个体RNA含量及RNA:DNA比值伴随水华的发生而增高,在水华结束了又降低,两者与叶绿素之间明显正相关(p0.001)。DNA含量相对稳定,在水华发生前后没有明显差别。水华发生期高的RNA含量预示着此时中华哲水蚤体内蛋白合成速度较快,处于旺盛的生长状态。春季水华为中华哲水蚤提供了丰富的饵料,对中华哲水蚤的种群补充具有积极的推动意义。运用新一代高通量测序技术3454GS-FLX Titanium对中华哲水蚤转录组进行测序,探讨其基因表达状况,挖掘其功能基因。测序结果共获得1470799条高质量的表达序列标签(expressed sequence tags, EST),平均长度为355bp,所得序列拼接后得到19049条unigene。根据与已知蛋白的序列相似性对比,在中华哲水蚤的转录组中发现了超过14000个不同功能的基因。通过GO注释和KEGG通路分析,发现这些基因参与了中华哲水蚤重要的生命历程和功能,如蜕皮、脂类积累、滞育等重要历程相关的基因。中华哲水蚤成体与桡足幼体(C4,C5)之间有着着差别基因表达,富集分析显示这些差别表达基因主要集中在7个关键功能或历程上。此外,在中华哲水蚤转录组中发现了大量的单核苷酸多态性(Single NucleotidePolymorphisms, SNP),这为从后该物种基因或基因组方面的探讨打下重要的基础。为了探讨中华哲水蚤滞育的分子机制,我们在转录组序列信息已获的基础上对滞育与非滞育期中华哲水蚤表达谱进行分析。通过Solexa测序平台和相关生物信息分析办法,在两个样本 发现差别表达的基因3557个,其中有明确功能的基因数为2450个,上调基因(滞育期个体表达量超过非滞育个体表达量)1549个,下调基因901个,滞育期特异表达基因67个,非滞育期特异表达基因96个。对差别表达的基因进行富集分析,结果发现滞育与非滞育期中华哲水蚤C5期桡足幼体差别表达基因在新陈代谢(metabopsm)、遗传信息加工(genetic information processing)、细胞历程(cellular processes)、环境信息加工(environmental information prcessing)、有机系统统(organismal systems)等通路中都有富集,其中在新陈代谢、遗传信息加工和环境信息加工通路中的富集基因较多。在所有差别表达的基因中,对从往报道的昆虫及桡足类滞育相关基因进行筛选,我们发现了多个在滞育历程中发挥重要调控意义的相关基因,滞育个体中明显上调的基因包括:法尼酸甲基转移酶(FAMeT)、铁蛋白(ferritin)、热休克蛋白(heat shock protein)等;明显下调基因有表皮蛋白(cuticle protein)和极长链脂肪酸延长因子(elongation of very long chain fatty acids protein)等。结合这些蛋白的功能极为在其他生物滞育历程中的意义,初步研究了这些基因在中华哲水蚤滞育历程中的表达方式。 关键词:中华哲水蚤论文 核酸含量论文 转录组测序论文 滞育论文 基因表达论文
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    致谢4-5

    中文摘要5-7

    ABST

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