千果论文网
论文范文
千果论文网免费提供各类论文范文,专注 毕业论文、职称论文!7年服务经验,质量保证!
当前位置:千果论文网 >> 论文下载 >> 论文提纲范文 >>浏览文章
探讨座子家蚕MITE转座子的鉴定、进化和功能以及家蚕转座子的进化动力学论文的写法
驯化物种的驯化遗传学还是对于理解真核基因组的进化都有非常重要和普遍的论述作用。MITE转座子广泛的分布在真核生物的基因组中。目前对于MITE转座子种类、含量、分布和转座机制都有深入的探讨和清晰的认识。但是对MITE转座子在基因组中的功能探讨同样处于空白状态。本论文运用MUST软件从及一系列生物信息学办法和软件对家蚕
摘要:微型反向重复转座子(MITE)是由Bureau和Wessler首次在玉米中发现并命名的。在随后的探讨中发现MITE广泛分布于真核生物基因组中。家蚕作为鳞翅目昆虫的代表,全基因组测序已于2004年完成,并在2008年,由中日科学家合作完成了家蚕基因组精细图的组装。与此同时日本科学家Osanai-Futahashi等人在分析家蚕基因中转座子含量时,发现转座子序列约占整个家蚕基因组的40%。虽然他们发现家蚕基因组中含有丰富多样的转座子序列,但是对于MITE转座子的信息却一无所知。转座子构成了高等生物基因组的大部分并且其在不同生物基因组中的含量有非常大的变化,由此,探明转座子的进化动力学对于理解高等生物基因组的进化有非常重要的作用。转座子的进化动力学在少数物种特别是在果蝇和拟南芥中已有较深入的探讨。但是,所有已有的探讨结果都是基于少数方式生物和相应自然群体获得的,对驯化物种中转座子的进化动力学探讨仍然是一个空白。毫无疑问,这类探讨无论对于理解驯化物种的驯化遗传学还是对于理解真核基因组的进化都有非常重要和普遍的论述作用。MITE转座子广泛的分布在真核生物的基因组中。目前对于MITE转座子种类、含量、分布和转座机制都有深入的探讨和清晰的认识。但是对MITE转座子在基因组中的功能探讨同样处于空白状态。本论文运用MUST软件从及一系列生物信息学办法和软件对家蚕基因组中的MITE转座子进行鉴定,分类,分布和进化分析;通过转座子显示技术、群体遗传学论述和办法从及生物信息学办法对家蚕转座子的进化动力学进行探讨;借助转基因技术,细胞转染技术和常见的分子生物学手段探测家蚕BmMITE-2转座子对邻近基因表达的调控。主要探讨结果如下:1.家蚕基因组中MITE转座子的种类、含量和序列结构特点运用MUST软件对家蚕全基因组进行扫描并经过一系列筛选程序,一共鉴定了17个MITE家族,命名为BmMITE-1到BmMITE-17,这些家族在家蚕基因组中一共含有5785个拷贝,约占整个家蚕基因组的0.4%。它们的TSD长度在2到9bp之间、TIR长度在8到59bp之间、序列全长在210到567bp之间。根据它们的TIR和TSD序列进行同源性注释发现,这17个家族中有3个(BmMITE-4,5,6)属于Tourist-pke家族;3个(BmMITE-2,3,8)属于Stowaway-pke家族;4个家族(BmMITE-13,14,15,16)属于Pegasus-pke家族,剩下的7个家族(BmMITE-1,7,9,10,11,12,17)属于新的家族。2.家蚕MITE转座子的扩增状况为了估计这些MITE转座子在家蚕基因组中的扩增状况,我们分别对这些MITE转座子进行了插入时间估计、Network分析家族内部的序列分化度和滑窗分析各家族内全长序列不同区域的分化度。插入时间分析结果表明:不管是在家族间还是在家族内,家蚕MITE转座子插入时间都有很大的变化,它们的插入时间范围在0到4个百万年内,并且这17个MITE家族的插入时间主要发生在2个百万年内。一个有趣的结果是BmMITE-2转座子在0-1个百万年内可能发生过爆发式的扩增,并且在很短的时间内其拷贝数增多了2173个;Network的分析结果显示:家蚕的17个MITE家族中有8个家族(BmMITE-4、BmMITE-6、BmMITE-7、 BmMITE-1、BmMITE-14、BmMITE-15、BmMITE-16和BmMITE-17)可能是在很久从前发生的扩张,剩下的9个家族可能经历了最近的扩张,这一分析结果和插入时间估计的结果是一致的;滑窗分析的结果发现:除了6个MITE家族(BmMITE-4、BmMITE-5、BmMITE-9、BmMITE-12、BmMITE-14和BmMITE-15)只有一端的TIR对比保守,剩下的11个家族在序列两端的TIR区域都相对较保守。因为TIR是MITE转座历程中转座酶的识别位点,所从TIR的保守也反映出这些家族可能最近具有活性并发生了扩张。3.家蚕MITE转座子在染色体和基因附近的分布状况所有的MITE广泛分布于家蚕的28条染色体上,并且这些MITE在28条染色体上的分布并不是随机分布的(Chi-square=297, df=27, P0.01),特别是在其中7个染色体上(2号、16

gasus-pke家族,剩下的7个家族(BmMITE-1,7,9,10,11,12,17)属于新的家族。2.家蚕MITE转座子的扩增状况为了估计这些MITE转座子在家蚕基因组中的扩增状况,我们分别对这些MITE转座子进行了插入时间估计、Network分析家族内部的序列分化度和滑窗分析各家族内全长序列不同区域的分化度。插入时间分析结果表明:不管是在家族间还是在

千果论文网专注 毕业论文与职称论文以及论文 表业务,如有需要请联系客服人员!