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研讨氨基酸传染性法氏囊病病毒基因组A节段编码前体多聚蛋白的进化踪迹大学毕业论文格式
715、751位氨基酸上;致弱毒株与经典毒株的差别位点在242、253、330、981位氨基酸。进化踪迹浅析得到的253、299和330位点与以前发表的实验结果相符合。浅析这些位点突变可能对病毒毒力变异的影响是:经典毒株和致弱毒株299位N替换为超强毒株的S,S具有氢键由此可以加强分子内或分子间的相互作用力,这可能是增强病毒毒力的理由之
摘要:病毒毒力变异探讨是当代动物病毒学探讨的一个热点,许多探讨试图阐明传染性法氏囊病病毒毒力变异的分子生物学基础。已有探讨表明VP2所在的前体多聚蛋白区域比IBDV基因组的其它区域有较高的突变频率,而且能用来区别IBDV的致弱毒株、经典毒株和超强毒株,由此利用该区域探讨病毒的毒力变异分子基础将比相对保守区域能提供更有价值的信息。随着结构生物学、基因组学和生物物理等诸多学科的交叉与运用,使以系统进化的角度探讨生物分子的结构和功能成为可能。为探讨病毒的氨基酸序列与其致病性的联系,本探讨对目前Genbank中所能得到的毒力信息明确的、来自28个毒力不同的参考毒株全长前体多聚蛋白氨基酸序列利用进化踪迹技术对它们进行系统进化浅析,然后将差别位点映射在模拟的蛋白质结构上来更好地探讨这些位点对IBDV毒力转变的可能理由。探讨发现的毒力特点性氨基酸残基多集中在VP2蛋白,浅析理由可能是:VP2是IBDV的主要结构蛋白,它在病毒侵染易感细胞的初级阶段如识别受体、粘附等历程发挥了重要作用,由此VP2氨基酸的突变可能对细胞嗜性和毒力变异具有一定的影响。具体地,IBDV超强毒株和经典毒株的差别体现在第242、253、294、299、451、680、715、751位氨基酸上;致弱毒株与经典毒株的差别位点在242、253、330、981位氨基酸。进化踪迹浅析得到的253、299和330位点与以前发表的实验结果相符合。浅析这些位点突变可能对病毒毒力变异的影响是:经典毒株和致弱毒株299位N替换为超强毒株的S,S具有氢键由此可以加强分子内或分子间的相互作用力,这可能是增强病毒毒力的理由之一;超强毒株和经典毒株的330S替换为致弱毒株的330R,可能同样是氢键的变化导致毒力变异;此外超强毒株和经典毒株的第451位、680、715位和751位氨基酸的突变发生在VP2-VP4、VP4-VP3切割位点附近,说明这些氨基酸可能通过作用于前体多聚蛋白的加工历程来转变病毒在宿主细胞复制速率以而导致IBDV毒力的变异;而致弱毒株和经典毒株的981P替换为致弱毒株的981L,此突变可能对VP3有一定的影响,但还需进一步实验探讨。进一步,本探讨根据进化踪迹的浅析结果构建了超强毒株UK661的VP2蛋白模型,并将超强毒株、经典毒株和致弱毒株的差别氨基酸残基映射在VP2三位构象上,通过比较I242Y、Q253H、I294L、S299N和S330R的空间结构发现:Q253H由线性的氨基酸Q变为环状结构的H后增加了β折叠形成的可能性,导致该位点与周围空间区域氨基酸的空间位阻的形成,以而降低了分子间作用力;S299N和S330R这两个位点氨基酸的突变同样对VP2三维构象产生了空间位阻,二者可能导致VP2对受体分子的结合力减弱;而I242Y、I294L位于VP2内部,它们的突变对病毒毒力的影响可能较小。本探讨旨在通过运用进化踪迹技术对IBDV基因组A节段推导的前体多聚蛋白氨基酸序列进行系统进化浅析以期初步探讨病毒氨基酸序列与功能的内在联系,为今后IBDV其它的细胞生物学和分子生物学特点探讨提供了可行的策略和途径,同时为研制更有效的病毒疫苗、抗病毒药物和诊断试剂提供参考,对有效预防和制约传染病发生和流行等具有重要的作用。 关键词:传染性法氏囊病病毒论文 毒力变异论文 前体多聚蛋白论文 进化踪迹浅析论文
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    摘要6-7

    Abstract7-13

    第一章 绪论13-24

    1.1 IBDV的分子生物学特点14-17

    1.1.1 IBDV的形态结构及血清型14

    1.1.2 IBDV的基因组及其功能14-15

    1.1.3 IBDV主要蛋白15-17

    1.2 IBDV的免疫抑制17-18

    1.2.1 IBDV的免疫抑制17-18

    1.3 IBDV的免疫预防18-21

    1.3.1 IBDV免疫预防18-19

    1.3.2 基因工程重组活载体疫苗19

    1.3.3 病毒样颗粒19-20

    1.3.4 基因工程亚单位疫苗20

    1.3.5 免疫失败的理由20-21

    1.4 IBDV的毒力变异21-22

    1.4.1 IBDV的毒力变异21

    1.4.2 其它因子对病毒毒力的影响21-22

    1.5 用于结构与功能探讨的计算生物学策略22-23

    1.5.1 进化踪迹技术22

    1.5.2 同源建模22-23

    1.6 本探讨的目的及作用23-24

    第二章 IBDV基因组A节段编码前体多聚蛋白氨基酸序列的进化踪迹浅析24-34

    2.1 材料和策略24-25

    2.1.1 材料24

    2.1.2 策略24-25

    2.2 结果25-32

    2.2.1 28个IBDV前体多聚蛋白全长序列数据集25-27

    2.2.2 进化踪迹系统树27-28

    2.2.3 序列分组情况28-29

    2.2.4 前体多聚蛋白氨基酸踪迹残基29-31

    2.2.5 致病性与非致病性IBDV氨基酸残基及其位点31

    2.2.6 不同毒力IBDV的保守氨基酸残基31-32

    2.3 讨论32-34

    第三章 VP2 模型的建立与特异氨基酸位点的映射34-45

    3.1 材料和策略34-37

    3.1.1 材料34-35

    3.1.2 策略35-37

    3.2 结果37-44

    3.2.1 结构模板的获得37-38

    3.2.2 同源建模的结果38-39

    3.2.3 模型的评价39-40

    3.2.4 特异氨基酸位点的映射及空间绘图40-42

    3.2.5 差别位点氨基酸的性质和空间结构浅析42-44

    3.3 讨论44-45

    第四章 全文结论45-46

    参考文献46-53

    致谢53-54

    作者简历54

不同毒力IBDV的保守氨基酸残基31-322.3 讨论32-34第三章 VP2 模型的建立与特异氨基酸位点的映射34-453.1 材料和策略34-373.1.1 材料34-353.1.2 策略35-373.2 结果37-443.2.1 结构模板的获得37-383.2.2 同源建模的结果38-393.2.3 模型的评价39-403.2.4 特异氨基酸位点的映射及空间绘图40-423.2.5 差别位点氨基酸的性质和空间

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