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浅谈牡蛎长牡蛎基因区SNP标记规模开发及其在遗传育种中的运用论文格式模板下载
命活动的所有组成部分。这些标记的开发为牡蛎重要量状的基因剖析从及基因功能的验证提供了有力工具。长牡蛎基因预测结果显示:长牡蛎HSP70家族呈现扩张状态,推测可能与长牡蛎对潮间带多变生活环境的适应相关。此外,高温也被证实是长牡蛎夏季死亡的一个重要因素。本探讨根据长牡蛎基因组中预测的HSP70家族基因的88个成员的序列
摘要:牡蛎(Oyster)属软体动物门,瓣鳃纲,牡蛎科,广泛分布于亚洲、美洲、欧洲从及澳洲等世界各海域。牡蛎具有重要的生态和经济价值,也是探讨得最为全面深入的海洋贝类之一,特别是随着牡蛎全基因组测序的完成,其逐步成为海洋贝类探讨的方式种。我国于20世纪80年代开始人工养殖长牡蛎(Crassostreagigas),现已成为我国重要的海水养殖贝类。自以二十世纪从来,养殖长牡蛎经常受夏季大规模死亡,经济性状性能衰退等理由影响,造成长牡蛎养殖生产损失较大。培育高产、抗逆、质优的牡蛎一直是牡蛎产业和育种探讨的重要目标。随着分子生物学与基因组学的进展,牡蛎的育种探讨也正在经历由传统的选择、杂交育种到基于基因组信息的分子育种的改变。基于基因组的分子育种核心内容是对基因型和表型多态性的探讨,其中单核苷酸多态性(SNP)因其分布广(尤其是在基因区也有分布)、可实现高通量检测等优点,逐渐成为基因型检测的重要工具。通过牡蛎全基因组测序和转录组测序,我们对牡蛎基因组SNP和多态性进行了体系筛查评估,本探讨从长牡蛎全基因组序列为参考,使用三个海区的长牡蛎转录组数据获得长牡蛎基因表达区的SNP位点信息,并结合高分辨率熔解曲线技术(HRM)构建一套适合于长牡蛎高杂合基因组特征的高通量SNP标记开发平台。使用该平台成功开发了长牡蛎基因区SNP标记1329个,分型效率达到65.2%。在获得分型的SNP标记中84%是转换类型,其中包括R32.5%,Y35.8%,K7%,M9%,另外还有16%为颠换类型,其中包括W10%,S6%。通过SNP标记的引物序列信息将开发的SNP标记在长牡蛎全基因组Scaffold上进行一一定位,发现上面陈述的所有SNP标记覆盖长牡蛎基因组中653个Scaffold,占整个基因组所有Scaffold的38.1%。在基因组数据上的进一步探讨发现,所获得的SNP标记分布于864个基因上,这些基因涉及197个Kegg注释通路,其中包括代谢、应激、免疫、抗逆、调节、生殖从及机体构成等方面,几乎涵盖长牡蛎整个生命活动的所有组成部分。这些标记的开发为牡蛎重要量状的基因剖析从及基因功能的验证提供了有力工具。长牡蛎基因预测结果显示:长牡蛎HSP70家族呈现扩张状态,推测可能与长牡蛎对潮间带多变生活环境的适应相关。此外,高温也被证实是长牡蛎夏季死亡的一个重要因素。本探讨根据长牡蛎基因组中预测的HSP70家族基因的88个成员的序列信息为依据,在上面陈述的转录组数据中获取相应的转录序列,并从此为参考开发HSP基因中的SNP标记,共获得43个可从正确分型的SNP标记。从青岛神汤沟海区的长牡蛎自然群体为材料,采用人工制约高温刺激的手段将受试牡蛎材料分为热刺激敏感群组和热刺激耐受群组。使用上面陈述的平台检测43个HSP70基因中的SNP标记在群体中的分离状况,统计分析其等位基因从及基因型的分离比例并进行高温抗逆相关性分析。发现2个位于HSP70基因中的SNP标记与高温抗逆具有明显相关性(p0.05),其中一个标记(SNP863)的等位基因频率与高温抗逆体现出极明显相关性(p0.01)。这说明该基因中标记的等位基因频率及基因型频率与长牡蛎体会高温刺激从极为高温耐受能力密切相关。这两个SNP标记的突变类型均为Y(C/T),SNP809标记在高温抗逆性群组中等位基因T从及基因型TT出现的频率更高,分别为64.70%、35.30%,而其高温敏感性群组中分别为40.60%、17.20%;然而在SNP863标记中等位基因C与基因型CC在高温抗逆性群组中出现的频率却占据了绝对优势分别为90.60%、81.2%,而其高温敏感性群组中分别为64.8%、42.2%,甚至在高温抗逆群组中根本没有出现TT基因型。这表明这两个SNP标记位点所在的基因在长牡蛎高温抗逆历程中可能有重要意义,并且其等位基因型和基因型与长牡蛎热刺激耐受相关。该结果为长牡蛎高温抗逆机制的进一步探讨找到良好的切入点,也为长牡蛎抗高温新品种的选育办法的建立奠定了良好的基础。本论文还探讨了一种基于精简基因组高通量测序技术的SNP标记开发办法,该办法的核心是使用精简过的基因组序列片段的双端测序的结果来获得SNP标记。使用该办法在一个长牡蛎F1家系中构建一张高密度遗传连锁图谱。该图谱共包含1584个SNP标记,图谱全长为737.34CM;最大连锁群包含336个SNP标记,最小连锁群包含61个SNP标记,标记间平均图距为0.47CM。将连锁图谱上的标记定位到长牡蛎基因组上,获得相应的对应联系,在1584个标记 计有1242个标记能够定位在Scaffold上,占总图谱标记的78.41%;这些标记共分布于654个Scaffold上,这些SNP标记的Scaffold全长超过282M,约占所有Scaffold全长的1/2左右。该连锁图谱为基因组测序图谱Scaffold的排序从及长牡蛎QTL精细定位和基因剖析等遗传连锁探讨奠定基础。此外,本探讨还建立了基于物种间COI基因序列的SNP差别,并使用本实验室SNP标记开发平台,建立一种贝类近缘物种种质鉴定的办法。该办法借助于高分辨率溶解曲线来区分DNA条形码序列中的SNP差别以而达到种质鉴定的结果。使用COI基因上的一段序列片段设计产生的一对引物在我国海域常见的巨蛎属牡蛎的物种鉴定中表现出简单易行、明确直观、准确有效等突出的优越性。其次,本办法为一个开放系统,运用范围广泛,不仅可用于一种贝类物种鉴定,只要是基于DNA条形码序列水平上的差别能够区分的贝类物种均可从使用该办法来进行物种间的区分、鉴定。 关键词:长牡蛎论文 SNP论文 HRM论文 连锁图谱论文 遗传育种论文 种质鉴定论文
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    致谢4-10

    中文摘要10-13

    Abstract13-16

    第一章 文献综述16-52

    1 牡蛎与长牡蛎16-18

    2 牡蛎养殖及育种18-21

    3 遗传标记的进展过程21-23

    3.1 遗传标记和分子标记21

    3.2 形态标记21-22

    3.3 细胞学标记22

    3.4 生化标记22

    3.5 分子标记22-23

    4 分子标记的分类23-28

    5 SNP 标记在水产动物中的运用28-30

    5.1 SNP 运用于水产动物遗传连锁图谱构建28

    5.2 SNP 在群体遗传学中种群进化和亲缘联系中的运用28

    5.3 SNP 在基因连锁不平衡、关联分析和基因功能探讨方面的运用28-30

    5.4 SNP 在牡蛎生物学探讨中的发展30

    6 SNP 标记分型检测办法30-41

    6.1 基于电泳的 SNP 检测办法31-33

    6.2 基于序列杂交的 SNP 检测办法33-36

    6.3 基于测序的 SNP 检测办法36-38

    6.4 基于等位基因特异性扩增的 SNP 检测办法38-39

    6.5 基于连接酶的 SNP 检测办法39-40

    6.6 基于酶切的 SNP 检测办法40-41

    6.7 基于分子量的飞行质谱法41

    7 海洋水产动物高密度遗传连锁图谱探讨发展41-46

    8 HSP 蛋白探讨发展46-48

    8.1 HSP 蛋白极为分类46-47

    8.2 HSP 的生物学功能47-48

    9 牡蛎近缘物种的种质鉴定48-50

    10 探讨目的及作用50-52

    第二章 长牡蛎基因组多态性验证及 SNP 标记的开发52-83

    1 引言52-53

    2 长牡蛎基因组多态性验证53-60

    2.1 实验材料53

    2.2 实验试剂53

    2.3 试验办法:53-56

    2.4 试验结果与分析56-60

    3 长牡蛎基因组 SNP 标记开发60-83

    3.1 候选 SNP 位点获取对策60

    3.2 分型办法的选定60-63

    3.3 主要实验仪器及试剂耗材63-64

    3.3.1 实验主要仪器63-64

    3.3.2 主要试剂耗材64

    3.4 实验材料64

    3.5 试验办法64-69

    3.5.1 转录组测序64-65

    3.5.2 长牡蛎基因组 DNA 提取及检测65-66

    3.5.3 引物设计66-67

    3.5.4 引物筛选67-68

    3.5.5 PCR 扩增68

    3.5.6 HRM 检测68

    3.5.7 测序验证68-69

    3.5.8 分型办法通量验证69

    3.5.9 SNP 标记在基因组上的定位69

    3.6 实验结果与分析69-79

    3.6.1 转录组 RNA 提取结果69-70

    3.6.2 转录组测序数据分析

:长牡蛎论文  SNP论文  HRM论文  连锁图谱论文  遗传育种论文  种质鉴定论文本论文由http://www.qqg88.com整理提供,需要 论文可从关系客服人员哦。                                          致谢4-10中文摘要10-13Abstract13-16第一章 文献综述16-521 牡蛎与长牡蛎16-182 牡蛎养殖及育种18-213 遗传标记的进展过程21-233.1

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